我國地域遼闊，水資源豐富，水質因地域的不同而差異很大。如果原水是井水，則有機物負荷不會很大;如果是地表水(湖水、河水或水庫水)，可能含有較高水平的有機物，并且有機物的組成和數量可能受季節變化影響;市政供水(自來水)通常是經過氯處理的，在去除氯之前，其中微生物的含量是比較低的，并且其生長通常是受到抑制的。

通常情況下純化水設備系統的配置方式根據地域和水源的不同而不同，純化水制備系統應根據不同的原水水質情況進行分析與計算，然后配置相應的組件來依次把各指標處理到允許的范圍之內。目前在國內純化水制備系統的主要配置方式如圖3—1所示，但并不局限于只有這幾種。

這里需要提及一點的是，原水水質應達到飲用水標準，方可作為制藥用水或純化水的起始用水，如果原水達不到飲用水標準，那么就要將原水首先處理到飲用水的標準，在進一步處理成為符合藥典要求的純化水。純化水系統需要定期的消毒和水質的監測來確保所有使用點的水符合藥典對純化水的要求。